Los servicios de meteorología anunciaban lluvia para el Gran Premio de Malasia y dichas predicciones resultaron totalmente ciertas. Después de completar 32 vueltas, y debido a una intensa tormenta, la carrera tuvo que ser detenida. Tras una larga espera, el control de carrera anunció que el GP no se reiniciaría. Nick Heidfeld terminó en segunda posición y consiguió para el BMW Sauber F1 Team su primer podio de la temporada 2009 y cuatro puntos del World Championship.
En la vuelta de formación, Robert informó sobre un ruido extraño en el motor. Al iniciarse la carrera, y en condiciones secas, el polaco se quedó clavado en su sexta plaza y fue adelantado por todos los pilotos, por lo que tuvo que resignarse a salir en 20ª posición. En la tercera vuelta, Robert tuvo que abandonar definitivamente la carrera tras un problema técnico en su BMW Sauber F1.09.
Esto hizo que Nick subiera al noveno puesto, pero el Red Bull de Sebastian Vettel no tardó mucho en comenzar a presionarlo. En la novena vuelta, el piloto de BMW Sauber F1 Team se salió momentáneamente de la pista mientras defendía su posición y fue adelantado por Vettel y Lewis Hamilton (McLaren). Sin embargo, Nick, que había comenzado la carrera con bastante carga de combustible, mantuvo la cabeza fría y a medida que los monoplazas delanteros iban parando en boxes, el alemán fue ganado posiciones.
En la vuelta 19, Kimi Räikkönen, de Ferrari, hizo una apuesta: en ese momento, la pista estaba totalmente seca, pero la previsión era de lluvia, así que el finlandés optó por colocar neumáticos de lluvia extrema. Nick, continuó con los secos hasta la vuelta 23, cuando ya había escalado hasta la sexta posición. Fue entonces cuando comenzó a llover y el piloto alemán del BMW Sauber F1 Team decidió cambiar a neumáticos de lluvia extrema. La mayoría de pilotos tomaron la misma decisión. Durante la parada, Nick adelantó a Hamilton y se incorporó a la carrera en quinta posición.
A continuación, fue adelantado por Mark Webber (Red Bull) y Glock, claramente más rápido que el resto, al llevar neumáticos intermedios. Aún así, Nick supo aprovechar sus habilidades de conducción en lluvia, así como la perfecta estrategia del equipo. Mientras el resto de equipos optó por volver a cambiar de lluvia extrema a intermedios, Nick se percató de que comenzaba a llover con mayor intensidad y decidió no entrar en boxes. Esta decisión le ayudó a ganar más posiciones.
Comenzó a caer un tremendo aguacero y el coche de seguridad tuvo que salir en la vuelta 32, cuando el alemán se encontraba en la tercera posición, justo después de ser adelantado de nuevo por Glock, cuyo monoplaza calzaba un nuevo juego de neumáticos de lluvia extrema. A pesar de pilotar con los neumáticos gastados en un complicado circuito inundado por la lluvia, Nick logró defender su posición hasta que la carrera fue suspendida.
Todos quedaron a la espera de que las condiciones mejorasen, pero seguía lloviendo y había muy poca luz, de modo que el control de carrera decidió no reanudar el Gran Premio de Malasia. Nick se benefició de la norma que estipula que los resultados se establecen al final de la penúltima vuelta en la que se haya dado la señal de suspender la carrera. En ese momento, Nick se encontraba en la segunda posición y por tanto, esta fue su posición final. Puesto que se había recorrido menos del 75% de la distancia de carrera en el momento de suspenderla, se conceden la mitad de puntos. Por tanto, tanto el BMW Sauber F1 Team como Nick obtuvieron solo cuatro puntos por su primer podio de la temporada. Jenson Button (Brawn GP) consiguió su segunda victoria de la temporada y Glock acabó en la tercera posición.
